En linux encuentra un programa básico llamado "dd" este programa permite hacer copias de carpetas, particiones y discos duros .
la síntesis resumida es
dd if=(origen) of=(destino) bs=(bloques)
para copiar particiones o discos enteros con windows he utilizado el siguiente comando con muy buenos resultados
dd if=/dev/hda of=/dev/hdb bs=1M &
yo uso el & para mandar a background para poder usar el comando
kill -USR1 %1
el cual me arroja información de cuanto lleva copiado